哈尔滨工程大学船舶工程学院
船舶工程学院，其前身是中国人民解放军军事工程学院(哈军工)时期创办的海军工程系船舶设计专业学院现有船舶与海洋工程、港口航道与海岸工程、水利水电工程、水文与水资源(未招生)4个本科专业，主要培养船舶与海洋工程、港口航道与海岸工程、水利水电工程的总体设计、制造、管理等领域等领域的高级工程技术人才。
哈尔滨工程大学航天与建筑工程学院
哈尔滨工程大学航天与建筑工程学院是哈尔滨工程大学办学最悠久的院系之一，于1971年成立。它的前身是由哈军工导弹工程系的战术导弹部分组成的航天工程系，1978年正式招收四个专业的本科生，即导弹结构设计专业、固体火箭发动机专业、飞行器自动控制专业和导弹制导专业。
哈尔滨工程大学动力与能源工程学院
学院现设有“热能与动力工程”、“轮机工程”2个本科专业，两个本科专业均为国家教育部特色专业;具有“轮机工程”、“动力机械及工程”、“热能工程”、“工程热物理”4个硕士学位授权点;具有“轮机工程”、“动力机械及工程”2个博士学位授权点;设有“船舶与海洋工程”、“动力工程及工程热物理”2个博士后科研流动站。其中，“轮机工程”学科为国家重点学科，“热能与动力工程”专业为国防及省重点专业。拥有1个教育部工程中心和1个黑龙江省实验教学示范中心。
哈尔滨工程大学自动化学院
哈尔滨工程大学前身是创建于1953年的中国人民解放军军事工程学院(“哈军工”)。学校现隶属于国家工业和信息化部，是国家“211工程”首批重点建设，进入国家“优势学科创新平台”项目建设，并设有研究生院的全国重点大学，是我国“三海一核”即船舶工业、海军装备、海洋开发、核能应用领域重要的人才培养和科学研究基地。
哈尔滨工程大学水声工程学院
水声工程学院成立于2001年12月，是在原有水声工程系、水声研究所和水声技术国家级重点实验室基础上组建而成。拥有国内水声技术人才培养和基础研究的最优质资源，号称“五星级学院”。拥有国家最早的水声工程国家重点学科、最早的博士点和博士后科研流动站，第一批国家级重点实验室，第一个水声工程院士。
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